Footnote Support · Issue #153 · atom/markdown-preview にすでにあって、GitHub製エディタAtomのMarkdownリアルタイムプレビューの仕様 - memorandum で紹介されているようにMarked に依存しているのだが、そちらの方でFootnotes add patch by paolocasarini · Pull Request #431 · chjj/markedというパッチがすでにあって、Commits · chjj/markedに取り込まれていないだけで、よって Atom の方にも取り込まれていない。
それだけの問題なので、管理者がアップデートしろで終わるのだけれど、根本的な解決策として、
:+1: to @jbrains 's idea making the Markdown processor configurable
とIssue #153にコメントしておいた。